Magyarországon az Öko EK-rendelet által előírt ellenőrzési rendszer keretén belül két tanúsító szervezet ellenőrzése alatt tevékenykedhetnek az ökológiai gazdálkodást folytani kívánó gazdálkodók: 
 

• BIOKONTROLL HUNGÁRIA NONPROFIT KFT.   kódszám: HU-ÖKO-01
• HUNGÁRIA ÖKO GARANCIA KFT.                          kódszám: HU-ÖKO-02

A két szervezet működése között az ellenőrzés és a tanúsítás szempontjából lényeges különbség nem lehet, hiszen mindkettő ugyanazon törvényi keretek között működik. 

A tanúsító szervezetek a jogszabályok alapján a következő tevékenységeket ellenőrizhetik és tanúsíthatják: 

• növénytermesztés
• vadon termő növények gyűjtése
• gombatermesztés
• méhészet
• állatartás
• feldolgozott ökológiai takarmányok előállítása
• kis- és nagykereskedelem
• élelmiszerfeldolgozás
• raktározás
• import
• ökobor

A Biokontroll Hungária Nonprofit Kft. saját feltételrendszer alapján a következő tevékenységeket ellenőrzi és tanúsítja: 

• tömegérkeztetés
• vad-, nyúl - és fürjtartás 

A Hungária Öko Garancia Kft. saját feltételrendszer alapján a következő tevékenységeket ellenőrzi és tanúsítja: 

• strucc- és emutartás

További fontos információk: https://portal.nebih.gov.hu/-/oko-tanusito-szervezetek-nyilvantartasa